Una solución rápida fue volver a copiar los archivos que había reemplazado por un backup.
Buscando el error en internet, encontré que el problema de genera cuando existe un error en la dependencia de los DLL compilados de la aplicación,
La solución es detener el IIS y eliminar todos el contenido de:
C:\Windows\Microsoft.NET\Framework64\v4.0.30319\Temporary ASP.NET Files\
También se puede configurar la carpeta de los TEMP desde el web.config:
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